CRCHUM: Étudier le génome du SARS-Cov-2 pour évaluer la transmission en milieu de soins

Une équipe de chercheurs du CRCHUM a implanté un outil moléculaire de séquençage du génome du SARS-CoV-2 afin de comprendre sa propagation dans les milieux de soins et éventuellement la prévenir.Comme le virus de la COVID-19 est polymorphe, il est ainsi possible d’utiliser un protocole de typage moléculaire pour repérer ses modifications génétiques. Ce genre d’outil est déjà utilisé un peu partout dans le monde, tel que le rapporte udemnouvelles.Le typage consiste à séquencer l’ARN du virus pour déterminer l’ordre d’enchaînement de ses nucléotides et voir comment il se transforme.L’idée d’utiliser l’outil est venue aux chercheurs à la suite des nombreuses éclosions dans les centres de soins longue durée, les centres d’hébergement ainsi que les hôpitaux depuis le début de la crise.« Voyant qu’il y avait de la transmission malgré les modes de préventions mises en place, nous nous sommes dit qu’il y avait une valeur ajoutée d’utiliser un outil d’épidémiologie moléculaire pour confirmer ou infirmer les événements de transmission. En évaluant avec un peu plus de certitude l’origine de la transmission, il est possible de prévenir des événements similaires futurs », a expliqué à ProfessionSanté.ca, le Dr Simon Grandjean Lapierre, chercheur pour le projet.En effet, un peu plus tôt cette année, le quotidien Le Devoir rapportait que le quart des cas positifs de COVID-19 dans la province concernaient des travailleurs de la santé.« Si le génome provenant du virus de deux personnes est identique, c’est plausible que l’une l’ait transmis à l’autre. Si les génomes des virus sont très différents, c’est alors pratiquement impossible qu’une personne l’ait transmis à une autre », a ajouté le Dr Grandjean Lapierre.Ainsi, l'outil pourra être utilisé lors des prochaines vagues éventuelles de COVID-19 afin de déterminer si une éclosion nosocomiale découle bel et bien d’une transmission survenue au sein de l’établissement ou si elle provient plutôt de la communauté.« S’il s’agit d’une infection dans la communauté, nous avons la confirmation que nos méthodes de prévention fonctionnent. Si c’est plutôt une infection dans l’établissement, il faudra alors les revoir », a affirmé le médecin.AnalysesDans le cadre de l’étude, une centaine d’échantillons ont été prélevés auprès de patients et de travailleurs de la santé qui étaient soupçonnés d’avoir attrapé la maladie en milieu de soins.Les analyses génomiques de ces échantillons ont partiellement été complétées et les chercheurs ont pu procéder à l’investigation de deux éclosions rétrospectives suspectées.« Pour les potentielles prochaines vagues, advenant une éclosion dans les milieux de soins, ce système d’analyse pourrait être déployé pour supporter la gestion de celle-ci. C’est notre objectif », a précisé le Dr Grandjean Lapierre.Il sera possible pour les milieux de soins d’avoir des résultats rapidement si une éclosion survient. En effet, lorsque les échantillons sont récoltés, le processus d’analyse et l’obtention des résultats prend généralement 48 heures.

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